Construite à l'initiative du cardinal de Richelieu, la chapelle actuelle de la Sorbonne a été fermée au culte de 1793 à 1821, puis à nouveau de 1848 à 1853, et encore à partir de 1906, au lendemain de la séparation de l'Eglise et de l'Etat.

Entre les deux guerres, par tolérance, une messe hebdomadaire y est cependant célébrée.

La chapelle est rendue au culte pendant l'Occupation, puis à nouveau retirée à la Libération.

Des messes y sont cependant occasionnellement données jusqu'en 1957, où un arrêt du tribunal administratif de Paris les déclare contraires à la loi.

Par exception, une messe requiem a continué d'être dite chaque année jusqu'en 1980, à la mémoire de Richelieu, selon ses dernières volontés.

Avant 1905, les membres de la famille de Richelieu disposaient du privilège de se marier, d'avoir leurs obsèques dans la chapelle, et pour certains leur tombeau dans la crypte, à l'image du cardinal, qui y repose.

Jamais, depuis la Révolution, les recteurs de l'université de Paris n'ont sollicité un tel privilège.